Per al seu funcionament, Obispo Climent Coop. V. compta amb els següents òrgans:
Assemblea General: és el màxim òrgan d’expressió i decisió. Està integrada per tots els socis i associats i té entre les seues potestats la de triar el Consell Rector.
Consell Rector: integrat per 5 membres de l’Assemblea General, és l’òrgan de govern de la cooperativa.
Composició del Consell Rector
President
Vicepresident
Secretària
Vocals (2)
Equip de Direcció: integrat per 5 membres de l’Assemblea General, vetla pel bon fer en la gestió diària de l’ensenyança. Formen l’Equip Directiu del Col·legi Santa Maria.
Càrrecs
Director
Cap d’Estudis
Secretària
Administrador
Representant del Titular